Seydişehir'in tarihi MÖ 5500 yıllarına kadar uzanır. Prehistorik Çağ'da (Tarih Öncesi), Psidia (Göller Yöresi) sınırları içindeki Seydişehir çok eski bir yerleşim yeridir. Beyşehir Gölü (Karalis Lacos) ile Suğla Gölü (Trogitis Lacos) arasındaki sulak vadide bu yerleşmenin izlerine rastlamak mümkündür. Bu vadide bulunan höyüklerde yapılan araştırmalar neticesinde Seydişehir'in 10 km güneydoğusundaki Suberde (Gölyüzü Köyü) höyüğünde yapılan kazılarda MÖ 5500-5000 yıllarına ait Neolitik (Cilalıtaş) Çağ yerleşmesinin varlığı ortaya çıkarılmıştır. Bu kazılarda elde edilen pek çok buluntu hâlen Konya Arkeoloji Müzesi'nde sergilenmektedir. MÖ 2000-700 yılları arasında Anadolu'daki pek çok bölgede hüküm süren Hititler'in Seydişehir-Beyşehir arasında varlıklarını gösteren anıtlar ve yerleşme yerler